Неоднократно на форумах обсуждался вопрос: обязательно ли устанавливать Joomla в корневую директорию сервера, или можно устанавливать в поддиректорию. На самом деле никакой разницы нет, единственный минус который возникает при установке в поддиректорию, это то, что сайт становится доступен не как site.ru, а site.ru/joomla (где joomla это имя папки). Однако этого можно легко избежать посредством использования mod_rewrite.
Допустим у нас на сервере Joomla установлена не в корень, а в директорию /joomla. Для того, чтобы мы могли обращаться к сайту не указывая этой директории, необходимо поместить в корень сервера файл .htaccess следующего содержания:
RewriteEngine On RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-f RewriteRule !^joomla(/?|/.+)$ /joomla%{REQUEST_URI} [L]
При этом надо не забыть убрать /joomla из значения переменной $mosConfig_live_site в конфигурационном файле Joomla.