При обновление количества товаров выяснилась особенность отдаваемых Битрикс 24 данных, из-за которой не происходило корректное обновление остатков в JoomShopping: если товар отсутствует (количество = 0) в Битрикс 24, то API просто передаёт пустое значение, а не 0. Исправлено
Скачать плагин и документация